现有院士专家工作站11个，即：钟南山院士呼吸疾病工作站、沈祖尧院士消化系统疾病工作站、付小兵院士创面治疗工作站、周宏灏院士个体化用药工作站、邱贵兴院士脊柱外科工作站、戴尅戎院士数字化人工关节工作站、孙颖浩院士泌尿外科工作站、赵继宗院士神经外科工作站、王正国院士交通医学工作站、葛均波院士心血管疾病工作站、俞梦孙院士健康医学工程工作站。

      国家级基地和机构13个，即：国家全科医生规范化培训基地、国家住院医师规范化培训基地【下设专科：内科、儿科、急诊科、皮肤科、精神科、神经内科、全科、康复医学科、外科、外科（神经外科方向）、外科（胸心外科方向）、外科（泌尿外科方向）、骨科、妇产科、眼科、耳鼻咽喉科、麻醉科、临床病理科、检验医学科、医学影像科、超声医学科、核医学科、放射肿瘤科、预防医学科、口腔全科、口腔内科、口腔颌面外科、口腔修复科、口腔正畸科、国家专科医师规范化培训基地（呼吸与危重症医学科、心血管内科）、国家药物临床试验机构、国家卫生和计划生育委员会脑损伤质控评价中心内蒙古分中心、国家卫生和计划生育委员会脑梗死网络中心内蒙古分中心、国家卫生和计划生育委员会临床药师培训基地、中国急性心肌梗死救治项目内蒙古协作救治中心、全国县级医院血液净化规范化管理和控制基地、国家卫生和计划生育委员会医院管理研究所临床医学工程研究基地、国家卫生和计划生育委员会心律失常介入培训基地、中华护理学会专科护士临床实践基地、国家卫生和计划生育委员会脑卒中筛查与防治基地。

       国家卫生系统医学工程重点专科1个，即：医学工程处，国家级临床重点专科2个，即：心血管内科、急救中心。自治区级研究中心和基地9个，即：内蒙古自治区呼吸病研究中心、内蒙古自治区骨关节疾病诊疗中心、内蒙古自治区脊柱外科中心、内蒙古基层医生呼吸系统疾病诊疗中心、内蒙古自治区运动医学中心、内蒙古自治区远程医疗中心、内蒙古自治区老年医学研究所、内蒙古自治区肿瘤研究所、内蒙古自治区泌尿外科研究所。

      自治区级医疗质量控制中心16个，即：内蒙古自治区临床药事管理质控中心、内蒙古自治区医疗设备管理质控中心、内蒙古自治区耳鼻咽喉疾病质控中心、内蒙古自治区医院经济运营质控中心、内蒙古自治区心电图诊断质控中心、内蒙古自治区呼吸疾病质控中心、内蒙古自治区CT诊断质控中心、内蒙古自治区儿科质控中心、内蒙古自治区介入放射质控中心、内蒙古自治区公立医院绩效管理与评价质控中心、内蒙古自治区冠心病介入质控中心、内蒙古自治区临床输血质控中心、内蒙古自治区心律失常介入质控中心、内蒙古自治区远程医疗质量控制中心、内蒙古自治区心血管质控中心、内蒙古自治区脑损伤质控评价中心。自治区临床医学领先学科11个，即：呼吸内科学、儿科学、老年医学、临床放射学、临床护理学、临床药学、实验诊断学（临床检验学）、心血管内科学、医学影像学、运动医学科、肿瘤外科学。

      自治区临床医学重点学科16个，即：产科学、超声医学、妇科学、麻醉学、泌尿外科学、普通外科学、神经内科学、肾脏内科学、眼科学、肿瘤内科学、蒙医脾胃病学、中医肛肠病学、临床营养学、医学工程学、医院管理学、医院感染学。自治区蒙医中医特色优势重点建设专科2个，即：蒙医消化科、中医肛肠科。自治区重点实验室2个，即：呼吸疾病重点实验室、内镜消化疾病重点实验室。